先日ドコモショップへ行ってきたわけですが。
前にドコモインフォメーションセンターで解決できなかった、回線に紐づいていない（電話番号が登録されていない） d アカウントのドコモマイショップが削除できるか試してもらいました。
d アカウント側から削除できるか試してもらったのですが、残念ながら削除できず。
解約した電話番号側からならできるかもしれないとのことで、解約した電話番号を伝え試してもらうと、そちらから削除ができました。
ということで、回線に紐づいていない（電話番号が登録されていない） d アカウントでも、ドコモショップであればドコモマイショップの削除ができるようです。
ただ、今回は解約してすぐだったので出来たかもしれませんが、解約後しばらく経って電話番号が他の人に割り当てられてしまった場合などは、削除ができないかもしれません。
ひとまず、同様の問題で困っている場合はドコモショップで相談してみると良いかもしれません。